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早期的白莲教崇奉阿弥陀佛，提倡念佛持戒，规定信徒不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒。它号召信徒敬奉祖先，是一种半僧半俗的秘密团体。它的教义简单，经卷比较通俗易懂。为下层人民所接受，所以常被利用做组织人民反抗压迫的工具。在元、明两代，白莲教曾多次组织农民起义。流传到清初，又发展成为反清秘密组织，虽遭到清政府的多次血腥镇压，但到了嘉庆元年（1796），白莲教大起义已发展成嘉庆年间规模最大的一次起义。
嘉庆年间
嘉庆年间的白莲教起义，前后持续了九年零四个月，最早参加者多为白莲教徒。参加的人数多达几十万，起义爆发于四川、湖北、陕西边境地区，斗争区域遍及湖北、四川、陕西、河南、甘肃五省，甚至还波及到湖南省的龙山县。白莲教起义军在历时9年多的战斗中，占据或攻破清朝府、州、县、厅、卫等204个。
抗击了清政府从全国16个省征调的兵力，歼灭了大量清军，使清军损失一、二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人，土豪劣绅1000余人。清政府为镇压起义耗费白银2亿两，相当于当时清政府5年的财政收入，从此，清王朝从所谓“隆盛之世”陷入了武力削弱，财政奇黜的困境，迅速跌入没落的深渊。
白莲教作为一种宗教概念，包括的内容很广。可以说它是一千多年来，发生在中国这块古老土地上的各种“异端”、“左道”、“邪教”的总括。是除了佛教、道教以外的又一个很重要的宗教，反映的是中国下层社会百姓的生活、思想、信仰和斗争，在中国农民战争史上充当着突出的角色。
白莲教教徒主要特征是烧香、诵偈（即宝卷），信奉弥勒佛和明王。他们的经典有《弥勒下生经》、《大小明王出世经》等等，为了适应下层百姓白天劳动的实际情况，白莲教徒多是“夜聚晓散”，愿意入教的人不受任何限制，不分贫富、姓别、年龄，男女老少只要愿意均可加入，“男女杂处”。到了明末清初，白莲教逐渐在教理方面趋于完备，教义也更加体系化。
白莲教教义认为：世界上存在着两种互相斗争的势力，叫做明暗两宗。明就是光明，它代表善良和真理，暗就是黑暗，它代表罪恶与不合理。这两方面，过去、现在和将来都在不断地进行斗争。弥勒佛降世后，光明就将最终战胜黑暗。这就是所谓“青阳”、“红阳”、“白阳”的“三际”。教徒们侍奉“无生老母”，信奉“真空家乡，无生老母”的八字真言。无生老母先后派燃灯佛、释迎牟尼佛、弥勒佛下去。他们分别在每一时期统治着人类世界：
青阳时期是由燃灯佛统治着的初际阶段，那时还没有天地，但已有了明暗。明系聪明智慧，暗系呆痴愚蠢；
红阳时期是由释迎牟尼佛统治着的中际阶段，那时黑暗势力占上风，压制了光明的势力，形成“大患”，这就是所谓“恐怖大劫”的来临，这时弥勒佛就要降生了，经过双方的决斗，最后光明驱走了黑暗；
白阳时期是由弥勒佛统治着的后际阶段，明暗各复本位，明归大明，暗归极暗。
初际明暗对立，是过去。中际明暗斗争，是现在。后际明暗各复本位，是未来。教首们宣传，人们如果信奉白莲教，就可以在弥勒佛的庇佑下，在大劫之年化险为夷进入云城，免遭劫难。待彻底摧毁旧制度，破坏旧秩序后，即可建立新的千年福的境界，那时人们就可以过安居乐业的好日子了。
白莲教认为现阶段（即中际），虽然黑暗势力占优势，但弥勒佛最后一定要降生，光明最后一定要战胜黑暗。它主张打破现状，鼓励人斗争。这一点吸引了大量贫苦百姓。使他们得到启发和鼓舞。加上教首们平日的传授经文、符咒、拳术、静坐、气功为人治病等方式吸收百姓?L依，借师徒关系建立纵横联系。
白莲教信徒众多，主要来自社会下层。各派内部实行家长制统治，尊卑有序，等级森严，成为很多农民起义的组织形式。在元末以滦县为中心，冀东及长城沿边一直是白莲教活动的地区，并从这里向全国蔓延，爆发了韩山童、刘福通领导的反元大起义。明初永乐年间有唐赛儿领导的起义，明末天启时期有徐鸿儒、王好贤领导的起义，后被巡抚赵彦、袁可立等镇压下去。此外还有很多小规模的农民起义，如明代嘉靖年间的江南太湖流域马祖师领导的农民起义和山西、内蒙一带的农民起义等。到清朝乾隆年间在山东一带爆发了王伦领导的农民起义等。规模最大的一次当属嘉庆年间，即清代中叶爆发的川楚陕白莲教大起义。
清代
白莲教的组织到了清代分布很广，黄河上下，大江南北到处都有，尤其是直隶、山东、山西、湖北、四川、陕西、甘肃、安徽等最为活跃。各阶层人民踊跃参加，在农村中则有“乡约吃教”，在城镇、集市则有“差役书办吃教”。当时教门派别很多，有清茶门教、牛八（朱）教、十字教、焚香教、混元教、红阳教、白阳教、老君门教、大乘教、清香教、圆顿教、八针教、大阳教等五花八门，其少许多教派都是白莲教的支派。白莲教拥有的群众最多，影响最大。它本身又分为许多别支，各以教主、首领为中心，组织相当复杂。领导人的名称也很多，有“祖师”、“师父”、“老掌柜”、“少掌柜”、“掌教元帅”、“先锋”等等。它的这种组织形式，适应于秘密传教（有时也用经文编成歌词，配上民间小调，击渔鼓、打竹板，用说唱的形式传教），分散活动。