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义军攻破成a都后，蜀王朱至澍投井自尽。三万守城官军战死二万多，余下五六千人投降了高峻山，可见当时激战的场面有多惨烈。
文官战死者：四川巡按御史刘之渤、四川按察副使张继孟、守西道陈其赤、建昌兵备佥事刘士斗、监纪同知方尧相、成a都县令吴继善、华阴县令沈云祚、郫县县令赵佳炜、教授何钟清、长史郑安民……
武将战死者：川北总兵刘佳印、叙南卫世袭指挥同知鲁印昌、蜀将罗大爵、山东副总兵刘镇藩、雅州指挥阮上奇、抚标参将徐明蛟、都司佥书李之珍……
回乡居住的、致仕归家的官宦，士人，仕女殉难者：原任顺天府治中的庄祖诏、原按察司庄祖诰、原东流知县的乾曰贞、明经邱之坊和他的儿子庠生邱祖福、诸生王呜、大理寺正王秉乾、原任宣化府同知王履亨、原任给事中吴宇英、原任工部主事蔡如蕙……
这些文武官员，或者阵地沦陷战死、或者巷战而死。
高峻山的义军伤亡四千八，神奇的是他的崇文子弟兵无一伤亡。
抚民是第一要务，但这些都无需高峻山去操心了，因为这都已经成为制度了，而且有他的崇文弟子去执行，各级官员也是按部就班，该干什么干什么，行政方面有邵捷春去执行，该怎么理顺的，都有崇文弟子去协商，高峻山完全做个甩手掌柜。
占领成a都以后，有汪兆麟、严锡、江鼎镇、龚完敬、陈演等五六十朝廷旧官员来投，高峻山把这些人全都送到襄阳去学习，然后再给予适当的职位。
蜀王投井自杀了，他的财产全部被没收，整座蜀王府那可等同于一座金山银山呀！这个蜀王府的接管任务他全权交给了他的崇文弟子，这么值钱的一座蜀王府，交给别人他不放心。
他现在可以把魏忠贤的宝藏提上他的日程上来了，据黄云发讲，这个宝藏就在四川的某个深山宝寺，他准备发动人四处去找找，魏忠贤的宝藏那可是不小的一笔收入，高峻山开发科技正是用钱的时候，他可不会错过的。
有了计划就要向四川全境发兵，他派白文选的西路军第一旅攻打保宁府；马元利的西路军第二旅攻打龙安府；张化龙、王尚礼、王自奇的西路军第三、四、五旅负责扫荡川南各府、司，袁韬、胡九思两个旅负责南线作战部队的水陆交通以及向导、翻译等的任务，因为这两个旅大多都是本地人。
而他的中军将领窦名望、李虎、李德容则驻守在成a都附近的几个县，以确保成a都的安全，李定国、刘文秀、马金、马文这四位义子则留守成a都，直接保卫高峻山的安全。
在肃清明廷残余的战斗中，各路大军都进展神速，仅用了二个月的时间，就几乎占领了四川全境，除了遵义和石柱。
石柱是因为有秦良玉在那里坚守，义军始终没有攻破秦良玉的防线。自从夔门战败之后，她便回到石柱，组织乡民，操练军队，准备与义军决死一战。
战报到了高峻山手里，高峻山知道秦良玉是抗清的英雄，从民族大义的角度来说，高峻山十分敬佩秦良玉，所以，他下令，停止对秦良玉的攻击，念及秦良玉抗清有功，让石柱暂时独立一段时间。
秦良玉字贞素。是明末的女将军、民族英雄。四川忠州人。上柱国光禄大夫，中军都督府左都督，驻四川等多处提督、总兵官，镇东将军，少保加封太保兼太子太保，一品夫人，忠贞侯，为石砫宣抚使马千乘之妻。她为人饶胆智，善骑射，料敌如神，兼通词翰，常为男子装。
她自幼从父秦葵习文练武，丈夫死后，继任其职，她曾出兵救援沈阳抗击鞑子，被明熹宗封为二品夫人、充总兵官，并赐“忠义可嘉”匾额。崇祯三年，奉诏勤王，收复永平、遵化等四城，受到朱由检优诏褒美并诰封一品夫人，加封少保、挂镇东将军印。
秦良玉不肯投降高峻山，但是她也没有能力打出石柱，坚守石柱七年，于公元1648年7月病逝家中，她死之后，石柱才归属高峻山管辖。
占领四川之后，高峻山又起兵攻打汉中。
崇祯十四年八月中，他亲率白文选的西路军第一旅及中军将领窦名望、李定国、刘文秀、马金、马文、李虎、李德容，共计十二万大军，由川北出七盘关，向汉中进军；同时命令贺人龙旅由房县出发，攻打汉阴，以分散汉中守军的兵力。
张化龙、王尚礼、王自奇三位总兵听说要打汉中，纷纷前来请战。
三人一身戎装，来到蜀王府。
蜀王府规模雄伟、富丽堂皇，北起东西御河，南到红照壁，东至东华门，西达西华门，面积三十八公顷多。整幢建筑坐北朝南，处处殿阁楼台、金碧辉煌，府内的建筑主要有承运门、承运殿、端礼殿、昭明殿……。
庄严的正门点缀着乐亭、表柱、三桥、石狮等皇家建筑，令人感到肃杀之气。接着是蜀王府的心脏--承运殿，该殿为蜀王理政之处，用西南名贵的楠木制成。北面有用楠木制造的蜀王宝座。再后就是蜀王居住之处，建筑十分精巧华丽，园林精致优美，小桥流水，鸟语花香，简直就是人间仙境。
当然，现在蜀王的宝座变成了高峻山的宝座，蜀王的居住之所自然也成了高府。
三位总兵进到蜀王府，穿过承运门，来到承运殿。
高峻山正坐在承运殿的宝座上与军师田文居和四川巡抚邵捷春商讨事宜，管家张从禀报，张化龙、王尚礼、王自奇三位总兵求见。
高峻山道：“赶快请他们进来！”
三人进到殿来，向高峻山行过礼后，高峻山问：“三位都坐下说话，你们找我所为何事？”
张化龙问：“秦王，听说你要出征汉中？”
高峻山道：“是的，汉中乃‘形势之地’，所谓‘前控六路之师，后据两川之粟，左通荆襄之财，右出秦陇之马，号令中原，必基于此’，汉中地处汉水上游陕南秦岭、巴山之间，四周环山，汉江中贯，‘北瞰关中，南蔽巴蜀，东达襄、邓，西控秦、陇，形势最重’，土肥水美，物产丰饶，农业发达，历来都是兵家必争之地。就军事而言，这里地处关中与巴蜀之间，作为西南、西北我军的一个中间枢纽地带，诚为西部战略要地。”
张化龙道：“我军占领成a都不久，这里离不开秦王，我张化龙愿领一旅人马，替秦王去征战汉中，不下汉中绝不回师！”
王尚礼和王自奇异口同声道：“我王尚礼（王自奇）愿替秦王出征汉中！”