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但是其实郑森并不愿意在锦州和黄台吉决战，这里面的原因也很简单，那就是锦州不靠海，对郑森而言，补给不太方便。虽然大凌河有一定的通航能力，但是运力有限，而且，到了冬天的时候还会结冰，从而导致断航。而如果要从陆地上对这座城市进行补给，成本偏高不说，还要占用大量军力才能保证补给线的安全。此前郑森要来袭击锦州，到不仅仅是为了要通过夺取锦州来切断清军的补给线，也是因为锦州被满清作为了攻击山海关的前进基地，大量的物资都存放在这里。其实在现在，对于郑森来说，重新夺回辽东，对于他来说，并不是最为急迫的事情。最为急迫的事情其实是尽快的消灭李自成和张献忠等农民起义军。
这倒不是因为郑森信奉某个千古完人的“攘外必须按安内”的思想，而是为了尽可能的减少人口的损失。大明朝的内战带来了巨大的人口损失。虽然这个损失还不能和原来的历史上满清入关带来的损失相比，但郑森还是觉得必须尽快让这种损失终止。
在穿越之前，郑森曾看到过一篇分析中国历史上很明显的三百年兴亡周期的文章，在那篇文章中，作者将这一周期归结于土地承载能力和人口增长之间的矛盾。认为三百年的人口增长，足以让中国的土地承载能力饱和，然后稍有风吹草动，就会导致大规模的饥荒和战乱。这种说法也被郑森所接受，甚至表现在他的《物种起源》以及其他的一些类似的著作中。如果没有其他的办法，如果天下真的只有中国如今控制的区域这么大，出于自私自利的想法，也许郑森还真不打算太早结束战乱，因为从某种意义上来讲，人口的大量损失，正是下一个朝代得以长治久安的基础之一。
但郑森却是有着其他办法的，因为天下远远不止中国这么点大。殖民主义，就是走出农业文明三百年周期律，就是获得足够的积累，从而开启全新的工业时代的不二法门。而国内充足的人口，便是进行全球殖民扩张的天然的有利因素。所以，对于郑森来说，如今最为重要的事情首先就是结束国内的战争，尽可能的减少人口的损失。
所以暂时来说，郑森并不打算立刻就消灭满清，他只打算先把满清挡在关外就可以了。要做到这一点，郑森觉得能切断辽西走廊就够了。要达成这个任务，占据锦州并不是一个费效比很高的做法。在郑森心中其实还有一个更好的据点，那就是当初郑芝虎曾经占据过一段时间的笔架山。
笔架山是一座半岛，有一条陆桥和大陆相连。这座陆桥在涨潮的时候会没入海中，只有退潮的时候才露出水面。所以假设满清要对这个目标发起攻击，他们会发现，他们即使把他们所有的力量都动员起来，就像他们在松锦之战中那样，他们也没有办法对这个目标形成围困，因为这是一座半岛，海船可以直接在那里停靠。要围困这样的目标必须要有一支强大的海上力量。而如今满清的海上力量，基本上强大得就像后世的蒙古国海军一样。
至于强攻，那更是不可能，陆桥的宽度有限，受此限制，满清一次性能够投入的攻击军队的数量是非常有限的，并不会比防御方更多；而且攻击的时间还受到潮水的限制，实际上即使在最理想状态下，可以持续的时间也不会超过三到四个时辰。而且在整个攻击行动中，整个陆桥都在模范军海军舰队的火力范围内。在这样短的时间里，用并不占数量优势的军队，去攻击拥有坚固工事和海军支持的，甚至交战人数上还占有优势的模范军，那简直就不是来打仗，而是来送人头的。
笔架山虽然不大，但是驻扎个两三千士兵，其中包括各六七百的骑兵还是放得下的。有了这样的力量，再依靠海军带来的处处可以登陆的机动优势，以此为基地，袭击，乃至切断清军的后勤线路也不是难事。郑森觉得，有了这样的一个据点，满清要想进入中原去争夺天下，就会非常困难。
当然，满清也可以绕道蒙古入关，就像他们以前经常做的那样。但是这样做道路遥远，补给起来会非常困难，所以满清以前入关，都只能在关内劫掠一番，就撤回关外。因为后勤的问题，他们的军队事实上并不能长时间呆在关内。
既然做了这样的决定，锦州暂时就显得不是特别重要了。因为攻击顺利，清军没来得及烧毁府库，所以大量的被准备来支持清军作战的物资，比如粮食，比如生铁和铜，（虽然辽东矿产丰富，但事实上，直到这时候，满清依旧没有自己大量开采，冶炼金属的能力，这些战略物资，大多都是通过和山西商人的走私贸易而获得的。）比如布匹，比如皮革，还有大炮、刀剑、弓箭、火药等等等等，都落到了模范军的手中。郑森便下令，让模范军将用得上的物资，统计起来，以便于迅速搬走或者摧毁。同时下令模范军开始对锦州城的城墙进行破坏。
满清自制的火药质量很不稳定，完全不符合模范军质量标准，所以在经过一系列的试验后，参谋部门向郑森提出，考虑到这些火药除了做鞭炮其实没什么太大的用处，所以他们请求郑森允许他们干脆就把这些火药全部用于对锦州城墙的破坏。和刘宗敏一样，他们也想要用火药炸开城墙。
不过和刘宗敏不同的是，模范军中的一些人在玩火药方面要比刘宗敏有经验得多。所以他们的爆破方式也更为合理一些，他们先在城墙下面掏出一个能让一个人爬进去的洞，然后再转个方向，往下挖出一个可以放进一个木桶的垂直的小洞，接着便将一个装满了火药的木桶放进其中，再用竹管连出导.火.索，再将整个洞都堵上，然后再进行爆破。
事实证明这种办法相当有效，虽然并不能一次将一整段的城墙炸碎（要做到这一点，靠火药的威力是做不到的，必须要靠正宗的炸.药才行。），但一次就可以在城墙根部炸出一个大坑，连续进行几次爆破，就足以摧毁一段城墙，这个效率，比起让士兵们用锄头挖可是要快多了。
在隆隆的爆破声中，模范军的士兵们用马车将他们缴获的各种物资从城中拉了出来，通过临时建造的码头，将它们装上了内河舰队的船只。首先被装上船的是各种大炮和金属制品。这些东西在运输清单上都是最为优先的。这不仅是因为它们最为昂贵，更是因为它们是无法用焚烧的方式来销毁的。如果清军回师的速度够快，郑森可不想让满清把这些东西再缴获回去。虽然满清手中的各种大炮，依照模范军的标准来看都是不合格产品，但是，郑森完全可以把它们拿去卖给德川幕府或者是中南半岛上的那些国家。
内河舰队的船只很快就装满了各种货物，而此时锦州的城墙已经被炸开了好几个大缺口。包括几座城门，都被炸毁了。其中的一处缺口连绵着又差不多两百多步，我大清如果要修复它，估计很要花些力气了。
当内河舰队满载着各种金属物资离去的时候，模范军海军陆战队的一支部队也在笔架山登陆了。当初郑芝虎在笔架山上建立过不少的设施，不过后来在撤退的时候，大多都被他自己烧掉了。清军对这处地方并不重视，所以自然也没有在这里驻军，于是海军陆战队轻而易举的就占据了笔架山，并开始在这里重建营房仓库和工事。
在内河舰队离开一天之后，模范军的部队，带着其他的一些缴获物，撤出了锦州城，开始向着笔架山转进。临走的时候，郑森又让人在城中放了一把火，将一些带不了的东西，还有整座城市都烧了个精光。